آیة الله حاج شیخ محمد حسین فاضل اردکانی در یکی از روزهای سال ۱۲۳۵، در اردکان، از توابع یزد، در خانواده ای عالم و متقی دیده به جهان گشود. [۱] [۲] پدرش آیة الله محمد اسماعیل اردکانی از عالمان و مراجع زمان خود در اردکان بود. از میان اجداد وی، «سلطان محمد»، از بازماندگان شمس تبریزی، به سبب مخالفت با تاج گذاری نادر شاه به اردکان تبعید شد. از آن جا که اردکان در آن روزگار، بخشی از محل سکونت زرتشتیان بود، این تبعید نوعی تنبیه محسوب می شد. فرزندان سلطان محمد به تدریج در اردکان زیاد شدند. که از همه مشهورتر، عالم ربانی «آخوند آقا علی» صاحب کرامات. یکی از فرزندان آن بزرگوار «شیخ ابوطالب» است که از فقیهان معروف قرن سیزدهم هجری به شمار می آید. [۳] وی سر سلسله خاندان «آل اردکانی» در کربلا و تهران بود.
